Nie, mysqli_query nie zmieni automatycznie poziomu izolacji. Łączenie się przez mysqli jest pod wieloma względami podobne do łączenia się przez mysql cli. W obu przypadkach otrzymasz domyślny poziom izolacji. I podobnie jak cli, mysqli nie może przyjmować żadnych założeń dotyczących tego, jakie oświadczenia będą przechodzić przez połączenie.
W każdym razie, jeśli masz dobre powody, aby martwić się o poziom izolacji, myślę, że powinieneś po prostu ustawić go wyraźnie, np.:
$mysqli_connection->query("SET TRANSACTION ISOLATION LEVEL READ UNCOMMITTED");
W ten sposób możesz zapewnić sobie odpowiedni poziom izolacji i możesz skomentować swoje powody w kodzie.