To jedyne obejście, jakie udało mi się znaleźć, aby zachować porządek. Użyj wyrażenia, nawet jeśli to pole istnieje, czy nie. W ten sposób kolejność jest taka, jakiej można się spodziewać:
if (TRUE) {
// To keep the order of the fields we have to use this hacky way.
// Use a function that will not modify the string
$query->addExpression("IFNULL(table_name.field_name, '')", 'field_name_alias');
} else {
$query->addExpression(':field', 'field_name_alias', array(':field' => NULL));
}