Przekazywanie wartości do zapytania wstawiania za pomocą zapytania wyboru

musisz użyć nawiasu w podzapytaniu. Spróbuj tego:

  query = "INSERT INTO empallowance(emp_id_fk,allowance_id_fk) VALUES((SELECT emp_id FROM employee WHERE emp_cnic='" + cnic + "'),@allowance_id_fk)";