Sposób, w jaki chcesz, myślę, że to niemożliwe. możesz to zrobić w alternatywny sposób.
1. Nie ładuj bazy danych w konfiguracji automatycznego ładowania.
2.Załaduj bazę danych ręcznie za pomocą $this->load->database('site')
lub $this->load->database('default')
przed wykonaniem zapytania.