Nie wygląda na to, że mysqlimport może czytać z STDIN, ale być może możesz poeksperymentować z nazwanego potoku . Coś takiego (niesprawdzone)
mkfifo bigfile
mysqlimport -uuser -ppassword Database bigfile &
cat genome | nawk > bigfile
Możesz też użyć rozszerzenia bash, aby uruchamiać polecenia zamiast plików
mysqlimport -uuser -ppassword Database <(cat genome | nawk)