Oto proste wyrażenie regularne MySQL, które pozwala na umieszczanie określonych znaków między grupami liczb.
SELECT telephone_number
FROM table
WHERE telephone_number REGEXP '^1[() -]*999[() -]*999[() -]*9999$';
To pasuje Twoje dane, ale nie formatuje je tak, że misc. znaki są usuwane, ale przynajmniej możesz znaleźć rekordy, które pasują do danej liczby.
Możesz łatwo naprawić formatowanie, zmieniając to w instrukcję aktualizacji.