Po dalszych poszukiwaniach znalazłem następujący link, który sugeruje, że jest to błąd MySQL:https://groups.google.com/forum/#!topic/sqlalchemy/ajYLEuhEB9k
Na szczęście wyłączenie supports_san_multi_rowcount pomógł!
engine = engine_from_config(settings, 'sqlalchemy.')
engine.dialect.supports_sane_rowcount = engine.dialect.supports_sane_multi_rowcount = False
Na razie mi wystarczy. Oto kolejne interesujące zasoby, które znalazłem po drodze dotyczące postgresql:https://bitbucket.org/zzzeek/sqlalchemy/issue/3015/deletes-executed-twice-when-using
