Chcesz UPDATE FROM :
UPDATE N1
SET N1.is_last_child = 1
FROM Node N1
LEFT OUTER JOIN Node N2
ON N1.ID = N2.Parent_ID
WHERE N2.ID IS NULL
Lewe sprzężenie zewnętrzne jest koncepcyjnie takie samo jak użycie NOT IN tylko jest łatwiejszy do odczytania i nie potrzebujesz mnóstwa zagnieżdżonych zapytań.