Wyszukiwanie produktów MySQL wraz z ich atrybutami

Musisz dołączyć za pomocą product_filters osobno dla każdego atrybutu:

SELECT DISTINCT products.*  
FROM products
JOIN product_filters AS f1 ON f1.product_id=products.id
JOIN product_filters AS f2 ON f2.product_id=products.id
WHERE ( f1.attribute_id=1 and f1.filter_id in (1,2) )
AND ( f2.attribute_id=3 and f2.filter_id in (6) )

DEMO

Twoja wersja próbowała znaleźć pojedynczy wiersz w product_filters który ma oba identyfikatory atrybutów, co nie jest możliwe.