Nie przechowuj ich w bazie danych. Umieść je w swoim katalogu internetowym i zabezpiecz je za pomocą .htaccess
.
Jeśli chcesz uwierzytelnić się w inny sposób, przechowuj pliki w katalogu, który nie jest dostępny przez Internet, ale może być odczytany przez użytkownika, który uruchamia php.