Jak zaimplementować ten program do importowania do tabeli bez użycia instrukcji INSERT INTO SELECT?

Możesz (i powinieneś) dołączyć zapytanie wybierające identyfikator koncepcji w IN klauzula:

INSERT INTO snomedinfo_data (refid, id, effectivetime, active, moduleid, conceptid, 
                             languagecode, typeid, term, caseSignificanceid) 
    SELECT refid, id, effectivetime, active, moduleid, conceptid, 
                    languagecode, typeid, term, caseSignificanceid 
           FROM snomed_descriptiondata 
           WHERE active = 1 AND conceptid IN 
               (SELECT cd.id FROM snomed_conceptdata cd WHERE cd.active = 1)

W ten sposób powinieneś być w stanie zrobić wszystko za pomocą jednej instrukcji, która będzie o rząd wielkości szybsza niż przetwarzanie tych samych danych wiersz po wierszu (tzw. slow-by-slow) przez sterownik JDBC.