MySQL zwykle odbudowuje całą tabelę po dodaniu indeksu, więc wszystkie istniejące również zostają odbudowane. To może być powolne.
Jedynym wyjątkiem jest dodanie indeksu za pomocą wtyczki InnoDB, czego nie można zrobić.
O ile mi wiadomo, zawsze wykonuje pełne skanowanie tabeli podczas budowania indeksu, jednak MOŻE wykonać skanowanie indeksu, jeśli dodajesz indeks, który ma ten sam (lub podzbiór) kolumn, co inny indeks. Takie indeksy są zwykle przydatne tylko wtedy, gdy kolumny są w innej kolejności.
Używając stockowego mysql, im więcej masz indeksów, tym wolniej będzie tworzyć nowy, ponieważ odbudowuje on również istniejące indeksy.
Myślę, że z wtyczką nie ma to żadnego znaczenia.
Tak czy inaczej, jeśli planujesz dodać kilka indeksów, powinieneś robić je wszystkie naraz, a nie pojedynczo.