Odwoływanie się do danych z wielu tabel

CourseTopics
{
    int TopicId;             // Foreign-Key to Topics.Id

    int CourseContentsId;  -- first of 3-part FK
    int Page;              -- added
    int SNo;               -- added
    PRIMARY KEY(TopicId, CourseContentsId, Page, SNo), -- for JOINing one way
    INDEX      (CourseContentsId, Page, SNo, TopicId)  -- for JOINing the otehr way
}

Tymczasem...

zgaduję że twój główny problem jest zawarty w tej jednej linii:

To jest niepraktyczne. Rozwiązaniem jest posiadanie singla tabela dla Topic i Page i odróżnić się od tego.