Problem był z mysql używając /var/tmp jako tmpdir, który nie jest wystarczająco duży, aby skopiować tabelę i utworzyć potrzebne indeksy. Naprawiłem to, zmieniając lokalizację tmpdir na miejsce, które zawiera więcej miejsca.
najpierw utworzyłem katalog /home/mysql/tmp
mkdir /home/mysql/tmp
potem zmieniłem właściciela tego katalogu na mysql:mysql
chown mysql:mysql /home/mysql/tmp
potem zatrzymałem serwer mysql
service mysql stop
następnie uruchom go ponownie za pomocą następującego polecenia:
service mysql start --tmpdir=/home/mysql/tmp
