mysql-server (niezależnie od wersji) zależy od innych pakietów (w twoim przypadku mysql-community-libs mysql-community-server)
Kiedy jest zainstalowany w pierwszej kolejności ze starą wersją, ten sprzęt jest instalowany. Kiedy "odinstalujesz" mysql-server, te zależności NIE są usuwane.
Gdy spróbujesz zainstalować nową wersję, te wciąż istniejące pakiety będą w konflikcie z nowym pakietem. Nie ma znaczenia, czy rzeczywiste pliki w pakiecie się tam znajdują, jest to pakiet i lista tego, czego można się spodziewać, ponieważ powoduje konflikt.
Aby rozwiązać problem, dowiedz się, jakie były zależności serwera mysql i odinstaluj je przed przystąpieniem do instalacji.
Ta odpowiedź https ://superuser.com/questions/294662/how-to-get-list-of-dependencies-of-non-installed-rpm-package może być interesujące, aby dowiedzieć się, od czego zależy mysql-server
