Rozszerzenie MySQL jest nieco szybsze niż MySQLi w większości zgłoszonych testów porównawczych. Różnica jest jednak tak niewielka, że prawdopodobnie nie powinno to być kryterium wyboru między nimi.
Inne czynniki przyćmiewają różnicę w wydajności między mysql i mysqli. Korzystanie z mod_php lub FastCGI, pamięci podręcznej kodu bajtowego, takiej jak APC, lub rozsądne korzystanie z pamięci podręcznej danych w celu zmniejszenia liczby trafień do bazy danych, jest znacznie korzystniejsze dla ogólnej wydajności skryptów PHP niż wybór rozszerzenia MySQL.
Nie bądź mądry ani grosza i głupi! :-)