Dziękuję za wskazówki, znalazłem rozwiązanie (Korekta: Obejście), które mi odpowiada. Zrobiłem wrapper wokół oryginalnego źródła danych, nadpisałem metodę getConnection() i powiązałem ją z nową nazwą JNDI. W ten sposób mam pełną kontrolę nad źródłem danych bez utraty funkcjonalności kontenera.