Weź zrzut bazy danych i kontroluj wersję. W ten sposób jest to płaski plik tekstowy.
Osobiście sugeruję, aby zachować zarówno zrzut danych, jak i zrzut schematu. W ten sposób przy użyciu diff można dość łatwo zobaczyć, co zmieniło się w schemacie od wersji do wersji.
Jeśli wprowadzasz duże zmiany, powinieneś mieć dodatkową bazę danych, w której wprowadzasz zmiany w nowym schemacie i nie dotykać starego, ponieważ, jak powiedziałeś, tworzysz gałąź.