Musi to być spowodowane tym, że instalujesz psycopg2 w instalacji Pythona na poziomie systemu, a nie w środowisku wirtualnym.
sudo apt-get install python-psycopg2
zainstaluje go w instalacji Pythona na poziomie systemu.
Możesz zainstalować go w swoim virtualenv przez
pip install psycopg2
po aktywacji virtualenv lub możesz utworzyć virtualenv za pomocą --system-site-packages flaga, aby twoje virtualenv miało już dostępne pakiety w pythonie na poziomie systemu.
virtualenv --system-site-packages test
gdzie test jest twoim środowiskiem wirtualnym.
