Podejście z jsonb_array_elements
i jsonb_set
był dobrym pomysłem, ale jakoś zagnieździłeś je w niewłaściwy sposób:
UPDATE myTable SET myColumn = jsonb_set(myColumn, '{A}', (
SELECT jsonb_agg( element || '{"myArray":[]}' )
FROM jsonb_array_elements(myColumn -> 'A') element
));
Btw, jeśli twoja kolumna ma już jsonb
typ danych, nie potrzebujesz żadnych rzutów.