Flyway zawsze działa w bazie danych używanej w ciągu połączenia jdbc.
Po połączeniu wszystkie skrypty działają w ramach transakcji. Ponieważ funkcja CREATE DATABASE nie jest obsługiwana w ramach transakcji, nie będziesz w stanie osiągnąć tego, czego chcesz.
Możesz jednak zamiast tego utworzyć schemat. Flyway zrobi to nawet za Ciebie, jeśli skierujesz go na nieistniejący.