Powód był dość prosty. Dzwoniłem do EnsureCreated
w Startup.cs
co powodowało konflikt z migracjami, ponieważ działało w inny sposób. Na szczęście właściciele EF Core wyjaśnili mi to w serwisie GitHub.
Podsumowując – jeśli chcesz korzystać z Migrations, nie możesz użyć funkcji SecureCreated.