Flask-Migrate nie odczytuje bazy danych, aby zobaczyć zależności między obiektami. Pomyślną migrację można osiągnąć, zmieniając kolejność drop_table w pliku migracji.
To, co możesz zrobić, to zmodyfikować plik migracji w następujący sposób:
op.drop_table("parameter_subtype")
op.drop_table("parameter")
A następnie uruchom aktualizację polecenie. Normalnie zamówienie spadku w tej kolejności powinno rozwiązać problem.