Nie można znaleźć kolumny o logicznej nazwie

W ProjectLevel2Repository masz mapowanie na ProjectRepository za pomocą @JoinColumn o nazwie projectlevel1id który nie istnieje. Z tego, co opisujesz, powinno to być zmapowane do ProjectLevel1Repository

@ManyToOne
@JoinColumn(name="projectlevel1id", referencedColumnName = "projectlevel1id")
@JsonIgnore
private ProjectLevel1Repository projectlevel1;