Wybierz kolumny z wywołania funkcji w rdzeniu sqlalchemy

Użyj FunctionElement.alias() i lekka column() :

from sqlalchemy import func, select, column

stmt = select([column('col1'), column('col2')]).\
    select_from(func.my_function().alias())

Dokumentacja wyraźnie wspomina Postgresql jako przypadek użycia dla tej konstrukcji. Powyższe daje:

SELECT col1, col2 
FROM my_function() AS anon_1

Korzystanie z parametru _selectable z column() możesz również:

In [4]: fn = func.my_function().alias()

In [5]: stmt = select([column('col1', _selectable=fn),
   ...:                column('col2', _selectable=fn)])

In [6]: print(stmt)
SELECT anon_1.col1, anon_1.col2 
FROM my_function() AS anon_1

ale ponieważ _selectable jest nieudokumentowany, może to nie być dobry pomysł.