Zamiast używać:
cur.execute('CREATE DATABASE ' + dbname)
Utworzyłem pustą bazę danych z początkowymi migracjami i kopiowaniem za każdym razem za pomocą polecenia:
cur.execute('CREATE DATABASE {} WITH TEMPLATE created_db'.format(dbname))
Teraz nie ma potrzeby dynamicznych migracji do nowo utworzonej bazy danych.