Skończyło się na tym, że wykorzystaliśmy mechanizm zdarzeń sqlalchemy do przechwytywania zapytań przed ich wykonaniem i dodaliśmy prefiks, aby zmienić schemat:
def before_cursor_execute(conn, cursor, statement, parameters, context, executemany):
schema_name = <Logic to resolve schema name>
statement = "SET search_path TO '%s'; %s" % (schema_name, statement)
return statement, parameters
......
(later in the code)
listen(Engine, 'before_cursor_execute', before_cursor_execute, retval=True)
W ten sposób możemy kilkakrotnie uruchomić migrację alembika, upewniając się, że za każdym razem nazwa schematu jest poprawnie rozwiązana i wszystko działa płynnie