Jeśli używasz flagi
PlayKeys.externalizeResources := false
zip dystrybucji jest tworzony bez conf folder, a więc plik META-INF/persistence.xml nie jest dołączony. Sądzę, że w tym przypadku Play wykrywa model JPA, skanując wszystkie adnotacje DB. Jeśli masz w conf pliki konfiguracyjne folderów, które są przeznaczone do edycji na stronie, pakiet dystrybucyjny bez conf folder nie jest odpowiedni.
Aby naprawić problem z bazą danych bez flagi PlayKeys.externalizeResources powinieneś dodać mapowanie modelu DB do persistence.xml . Zobacz przykład w inny odpowiedz