Mam pomysł z SQLAlchemy func.count na kolumnie logicznej
.having(func.count(case([(company_map.STATUS, 1)])) < func.count(company_map.C_ID))
Jeśli twoja SQLAlchemy jest w najnowszej wersji, możesz użyć
.having(func.count(1).filter(company_map.STATUS))
który jest czystszy niż stary.