Na koniec „rozwiąż” problem kompilacji ze źródła postgis 2.2.2 (który również wymaga gdal, proj4 i geos), a następnie wydanie
CREATE EXTENSION postgis;
CREATE EXTENSION postgis_topology;
od DROP EXTENSION postgis;
mówi mi, że postgis już nie był obecny.
I na koniec:
ALTER EXTENSION postgis UPDATE TO '2.2.2';
ALTER EXTENSION postgis_topology UPDATE TO '2.2.2';
Mam ponownie dostęp do moich danych geometrycznych i funkcji z PostgreSQL 9.4. Wygląda na to, że kompilacja ze źródeł poprawnie zaktualizowała ścieżkę zmiennej dla postgresql i zainstalowała /usr/lib/postgresql/9.4/lib/postgis-2.2.tak, która już nie była obecna (również dla postgis-2.1.so), nawet z (ponowna) instalacja z apt-get.
Mam nadzieję, że to pomoże.