Masz rację, nie ma tam System.Data (szukałem tego samego, kiedy po raz pierwszy zacząłem bawić się WinRT). Nie będziesz też mógł się do niego odnieść. Jeśli chcesz rozmawiać z bazą danych SQL, musisz użyć innego protokołu (WebService, SOAP, WCF itp.).
Dostępne są porty dla SQLite, które wydają się działać, co da ci opcję lokalnej bazy danych, ale nie opartej na serwerze, bez użycia pośrednika, aby dostać się do bazy danych.
Na marginesie, osobiście chciałbym zobaczyć aplikację Metro na komputer, która mogłaby połączyć się na przykład z bazą danych SQL Express, ale obecnie nie ma jej na kartach bez przeskakiwania przez obręcze.
