Może nie jest to najbardziej wydajne, ale utworzyłbym tabelę tymczasową do przechowywania wyników przechowywanej procedury, a następnie użyj jej w sprzężeniu z tabelą docelową. Na przykład:
CREATE TABLE #t (uniqueid int)
INSERT INTO #t EXEC p_YourStoredProc
UPDATE TargetTable
SET a.FlagColumn = 1
FROM TargetTable a JOIN #t b
ON a.uniqueid = b.uniqueid
DROP TABLE #t