Moje założenie jest takie, że serwer jest serwerem 64-bitowym, tak? Jeśli tak, agent będzie uruchamiał SSIS w trybie 64-bitowym, co powoduje niezgodność z plikami wykonywalnymi.
W zadaniu agenta na karcie Opcje wykonywania zaznacz opcję „Użyj środowiska uruchomieniowego 32-bitowego” i powinno być w porządku.
Pytanie jest oznaczone jako 2008, ale jeśli dobrze pamiętam, zadania SQL Agent 2005 typu SQL Server Integration Services Package nie miały możliwości uruchomienia w trybie 32-bitowym i domyślnie wszystko działało w trybie 64-bitowym. Aby obejść ten problem, trzeba było uruchomić polecenie systemu operacyjnego i wywołać 32-bitowy plik dtexec.exe, który najprawdopodobniej został znaleziony w C:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\100\DTS\Binn\DTExec.exe