Domyślam się, że nie jest to błąd, ale funkcja Sql 2012.;-) W innych kontekstach z przyjemnością zachowałbyś swoje cr-lf, na przykład podczas kopiowania dużego kawałka tekstu. Po prostu nie działa to dobrze w twojej sytuacji.
Zawsze możesz je usunąć w swoim wyborze. Spowoduje to, że Twoje zapytanie będzie takie, jak zamierzałeś w obu wersjach:
select REPLACE(col, CHAR(13) + CHAR(10), ', ') from table
