Jeśli masz zamiar czytać dane z dwóch arkuszy i mieszać je, aby utworzyć „połączone” rekordy, które wprowadzasz do bazy danych, w której masz ustawione FK, to powinno być to możliwe.
Przeczytaj Czytanie komórek Excela w C#
Możesz otworzyć arkusze, do których masz dostęp w pętli, ale będziesz musiał koordynować budowanie danych ze swoich arkuszy.