Czy istnieje różnica między metodami transakcji SMO ServerConnection a korzystaniem z właściwości SqlConnectionObject?

Oba są równoważne. Użycie obiektu SqlTransaction pozwala umieścić transakcję w using zakres:

using(SqlTransaction  trn = conn.BeginTransaction ())
{
 ...
 trn.Commit ();
}

Jest to lepszy wzór w przypadku wyjątków.