Być może będziesz musiał użyć archaicznej składni z nH, np.:
np:\\.\pipe\LOCALDB#ABB78D50\tsql\query
(Aby dowiedzieć się, dlaczego ta składnia jest czasami wymagana dla parametrów połączenia, zobacz ta wskazówka na mssqltips.com dla SQL Server 2012 i ta wskazówka dla bardziej nowoczesnych wersji).
Zdaję sobie sprawę, że nie jest to idealna odpowiedź, ale dopóki nHibernate nie zaktualizuje oficjalnej obsługi SqlLocalDb, może to być twój jedyny wybór... mam nadzieję, że się mylę i ktoś wymyślił bardziej elegancki sposób na połączenie.