Konwertuj datę z milisekund na obiekt ISODate

Właściwie jest to możliwe, sztuczka polega na dodaniu czasu milisekund do obiektu Date() zerowego przy użyciu składni podobnej do:

dt : {$add: [new Date(0), "$time"]}

Zmodyfikowałem Twoją agregację z góry, aby uzyskać wynik:

db.events.aggregate(
    {
        $project : {
            _id : "$_id",
            dt : {$add: [new Date(0), "$time"]}
        }
    },
    { 
        $project : {
            _id : "$_id",
            date : { 
                hour : {$hour : "$dt"} 
            }
        }
    }
);

Wynik (z jednym wpisem danych próbki):

{
  "result": [
    {
      "_id": ObjectId("532828ac338ed9c33aa8eca7"),
      "date": {
        "hour": 11
      }
    }
  ],
  "ok": 1
}