Począwszy od Mongo 2.6.0 możesz to zrobić natywnie bez dodatkowej manipulacji.
db.<collection>.aggregate( [
{ <operation> },
{ <operation> },
...,
{ $out : "<output-collection>" }
] )
Sprawdź nowy operator agregacji $out, aby uzyskać bardziej szczegółowy przykład.
PS w ten sposób nie jesteś ograniczony do rozmiaru 16Mb.