Mongodb zawsze tworzy plik mongodb.lock podczas uruchamiania serwera i usuwa go przed zatrzymaniem mongodb.
Usunięcie mongodb.lock nie wpływa na żadne dane, oznacza to tylko, że mongodb nie został poprawnie zatrzymany. Więc masz rację, usuwając ten plik i uruchamiając z opcją -repair, powinieneś naprawić bazę danych.