Nodejs Mongo wstawia się do poddokumentu - dynamiczna nazwa pola

Będziesz musiał zbudować swój $set modyfikator programowo:

var modifier = { $set: {} };
modifier.$set['companies.' + companyid] = { desksmemberships:[] };

A następnie użyj modifier jako trzeci parametr w Twoim findAndModify zadzwoń.

Możesz także rozważyć zmianę companies być tablicą zamiast osadzonego obiektu.

Aktualizacja Node.js 4.x

Możesz teraz użyć składni obliczonej właściwości, aby zrobić to bezpośrednio w literale obiektu:

collection('users').findAndModify(
    {username: usern}, 
    [['_id', 'asc']], 
    {$set:{['companies.' + companyid]: { desksmemberships:[] }}},    
    {new: true},
    function(){...});