Rzeczywiście masz też trzecią możliwość :key: "" (pusta wartość)
I zapominasz o specyfice null wartości. Zapytanie okey: null pobierze wszystkie dokumenty, w których klucz jest pusty lub gdzie klucz nie istnieje.
Gdy zapytanie dotyczące $exists:false pobierze tylko dokument, w którym klucz pola nie istnieje.
Aby wrócić do dokładnego pytania, zależy to od Twoich zapytań i tego, jakie dane reprezentują. Jeśli chcesz to zachować, na przykład użytkownik ustawi wartość, a następnie ją wyłącz, powinieneś pozostawić to pole jako puste lub puste. Jeśli nie potrzebujesz, możesz usunąć to pole.