Problem rozwiązany. Problem polegał na tym, że mam więcej profili na moim pliku application.yml i nie deklaruję nazwy bazy danych w profilu heroku, więc odczytywał nazwę bazy danych z domyślnego profilu. Poniżej plik application.yml
spring:
data:
mongodb:
database: pizza-store
uri: mongodb://localhost:27017
price-point-multiplier : 0.1
---
spring:
profiles: docker
data:
mongodb:
database: pizza-store
uri: mongodb://mongodb:27017
---
spring:
profiles: heroku
data:
mongodb:
uri: ${MONGODB_URI}