Krótka odpowiedź - nie, na pewno jest to możliwe, ale nierozsądne.
MongoDB to baza danych dokumentów i nie obsługuje żadnych fizycznych relacji między kolekcjami. EF dobrze pasuje do relacyjnych baz danych, takich jak SQL, MySQL itp. MongoDB działa szybciej z osadzonymi dokumentami. To tylko dwa różne podejścia.
