Należy pamiętać, że mongodb może używać tylko jednego indeksu na zapytanie (nie łączy ze sobą indeksów, aby szybciej utworzyć zapytanie dotyczące dwóch pól, które mają oddzielne indeksy).
To powiedziawszy, jeśli chcesz spróbować sprawdzić unikalność, możesz wykonać zapytanie z aplikacji przed wstawieniem (co tylko częściowo rozwiązuje problem, ponieważ istnieje przerwa między zapytaniem a momentem wstawiania).
Możesz chcieć zagłosować na ten problem JIRA dla filtrowanych indeksów, co prawdopodobnie pomoże w twoim przypadku użycia: https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-785
