MongoDB usuwa każdą bazę danych

możesz utworzyć pętlę javascript, która wykona zadanie, a następnie wykonać ją w konsoli mongo.

var dbs = db.getMongo().getDBNames()
for(var i in dbs){
    db = db.getMongo().getDB( dbs[i] );
    print( "dropping db " + db.getName() );
    db.dropDatabase();
}

zapisz go w dropall.js, a następnie wykonaj:

mongo dropall.js