Wygląda na to, że brakuje Ci specyfikatora „fields” w funkcji publikowania „userBankAdvanced”. Napisałem test w meteorpadzie na twoim przykładzie i wydaje się, że działa dobrze. Identyfikator banku jest tam zakodowany na stałe dla uproszczenia.
Więc zamiast
return Meteor.users.find({_id:this.userId,"bankList.id": bankId}, {'bankList.$': 1});
spróbuj użyć
return Meteor.users.find({_id:this.userId,"bankList.id": bankId}, {fields: {'bankList.$': 1}});