Właśnie natknąłem się na ten problem i w moim przypadku objawy były takie, że wszystko działało poprawnie, dopóki nie zrestartowałem serwera.
Otrzymałbym następujący błąd:NodeNotFound: No host described in new configuration $id for replica set $name maps to this node
Samo ponowne uruchomienie demona mongodb naprawiło to, więc nie mógł to być problem z konfiguracją zestawu replik.
Po dokładniejszym sprawdzeniu logów zauważyłem następujący komunikat o błędzie:NETWORK [replexec-0] getaddrinfo("$name.emilburzo.com") failed: Temporary failure in name resolution -> bingo
Próbował zapytać o nazwę hosta, zanim sieć była w pełni uruchomiona, a zatem członek zestawu replik nie znał swojej tożsamości
Dodawanie nazwy hosta FQDN serwera do /etc/hosts naprawiłem to, np.:
127.0.1.1 shortname shortname.fqdn.com
