Twój moduł oczekuje passport
obiekt
module.exports = function(passport){
ale nie wywołujesz go z obiektem paszportu w app.js
var routes = require('./routes/index');
musisz także zdefiniować paszport przed wywołaniem modułu tras. Na koniec musisz zmodyfikować plik app.js, aby wyglądał mniej więcej tak:
var passport = require('passport');
var expressSession = require('express-session');
app.use(expressSession({secret: 'mySecretKey'}));
app.use(passport.initialize());
app.use(passport.session());
...
var routes = require('./routes/index')(passport);
...
app.use('/', routes);