Proponuję postępować zgodnie z tym przewodnikiem: http://www.codeproject.com/Articles/81413/Windows-Azure-Drives-Part-1-Configure-and-Mounting . Ten przewodnik wyjaśnia, jak zamontować dysk, ale pokazuje również, jak zapisać literę dysku jako zmienną środowiskową.
Jest to interesujące, gdy uruchamiasz instancję mongo, możesz po prostu użyć tej zmiennej środowiskowej razem z --dbpath. Być może najlepiej byłoby zamknąć cały kod w aplikacji konsolowej, aby można było ją po prostu uruchomić przed uruchomieniem instancji mongo.